Il microbiota, ovvero la popolazione di batteri che colonizza fisiologicamente il nostro intestino, è dimostrato oramai avere un ruolo centrale nelle patologie intestinali e in particolare nelle malattie infiammatorie croniche intestinali (MICI). Normalmente questi organismi vivono in eubiosi, ovvero secondo un bilancio armonico. Quando questo equilibrio si rompe si genera una disbiosi, possibile fattore di rischio nell'insorgenza e nell'evoluzione della malattia di Crohn e della rettocolite ulcerosa. Diversi studi hanno mostrato come la correlazione tra microbiota alterato e MICI sia particolarmente evidente nei bambini. Uno studio della Dalhousie University (Canada) ha esaminato ad esempio la composizione batterica intestinale di venti bambini affetti da malattia di Crohn e di altri venti sani dimostrando come i piccoli con la patologia mostrassero più frequentemente disbiosi.
Peraltro diverse ricerche hanno dimostrato che nei pazienti con malattie infiammatorie croniche intestinali esiste anche un'alterazione di alcuni geni correlati alle funzioni di riconoscimento ed eliminazione dei batteri. Queste modificazioni sono presenti anche in soggetti affetti da diverse malattie autoimmuni o autoinfiammatorie che colpiscono altri organi: ciò suggerisce che le disbiosi possano essere alla base di anomalie del sistema immunitario. Inoltre è stato dimostrato che nei soggetti con MICI è presente una reazione anomala dei linfociti T, cellule del sistema immunitario, nei confronti del microbiota stesso: un'ulteriore conferma di come l'infiammazione possa essere legata proprio al rapporto che si instaura tra immunità e batteri che vivono nell'intestino.
Da tempo è noto che il microbiota intestinale delle persone che vivono nei Paesi in via di sviluppo è costituito anche da componenti quali protozoi e parassiti pressoché assenti in Occidente. Secondo vari studiosi, per noi occidentali l'aver perso questi elementi potenzialmente patogeni sarebbe svantaggioso dal momento che potrebbero anch'essi avere un ruolo nel corretto funzionamento del sistema immunitario. Non è un caso, infatti, che nei Paesi sviluppati le malattie immunomediate, autoimmuni e le allergie sono molto più diffuse rispetto a quanto accade, ad esempio, nel continente africano.
Date queste premesse è ipotizzabile che una sempre maggiore conoscenza della relazione tra microbiota, intestino e sistema immunitario possa portare alla formulazione di precise indicazioni alimentari nel trattamento dei pazienti con malattia di Crohn o rettocolite ulcerosa. Ricercatori dell'Università di Groningen (Paesi Bassi) lo hanno chiarito confrontando le abitudini alimentari e la popolazione batterica intestinale di adulti sani e affetti da MICI: dalla loro indagine sono emersi infatti minori livelli infiammatori nei soggetti che seguivano la dieta mediterranea così come diete ipocaloriche a basso contenuto di proteine. È inoltre ormai evidente che un eccesso di emulsificanti, conservanti e additivi presenti nei prodotti industriali può danneggiare la parete intestinale e agevolare una crescita fuori controllo di batteri potenzialmente pericolosi. L'alimentazione è quindi un fattore sempre più centrale, nell'evoluzione delle MICI: benché non esistano cibi tassativamente da eliminare, un'alimentazione equilibrata è decisiva. Scegliamo quindi frutta e verdura, evitandone eccessi in fase di attività di malattia, e riduciamo grassi e zuccheri. Anche i probiotici, solo secondo indicazione medica, possono essere d'aiuto in attesa che la ricerca giunga a dimostrare quali ceppi batterici sono i più indicati per ciascun paziente in base alle sue specifiche condizioni intestinali.